Der Preis für mutige Wissenschaft wird alle zwei Jahre ausgeschrieben und an innovative Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler vergeben. Die Ausschreibung findet gemeinsam mit dem Landesforschungspreis (interner Link) im jährlichen Wechsel mit dem Landeslehrpreis (externer Link) statt.
Potenzielle Kandidatinnen und Kandidaten werden durch die Wissenschaftsinstitutionen des Landes vorgeschlagen. Zusätzlich gibt es ein Selbstnominierungsrecht. Über die Vergabe entscheidet eine interdisziplinäre Jury bestehend aus renommierten Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern sowie den Präsidentinnen oder Präsidenten der Max-Planck-Gesellschaft und der Deutschen Forschungsgemeinschaft. Die Akademie hat den Vorsitz der Jury inne.
Der Preis kann an mehrere Personen gleichzeitig vergeben werden.