Prof. Dr. Stefan Pfister studierte Humanmedizin an den Universitäten Hamburg und Tübingen, wo er 1999 promoviert wurde. Darauffolgend hielt er sich ein Jahr als Postdoktorand am Dana-Faber Cancer-Institute der Harvard Medical School auf. Von 2002 bis 2004 erhielt er eine Facharztausbildung am Universitätsklinikum Mannheim im Bereich Pädiatrie. Anschließend arbeitete er als Postdoktorand am DFKZ in der Abteilung molekularer Genetik von 2004 bis 2006 und schloss daran eine Facharztausbildung am Universitätsklinikum Heidelberg im Bereich Pädiatrische Hämatologie und Onkologie an. Seit 2006 leitet Pfister die Forschungsgruppe „Molekulargenetik Kindlicher Hirntumoren“ am DKFZ und ist seit 2010 Facharzt für Kinderheilkunde. Im selben Jahr wurde er im Fachbereich Kinderheilkunde habilitiert. Pfister leitet seit 2012 die Abteilung Pädiatrische Neuroonkologie am DKFZ und seit 2016 das Kindertumorzentrum Heidelberg (KiTZ).
Mit dem Projekt "Der Mensch ist so alt wie seine Stammzellen" (interner Link) (2007-2012) wurde Stefan Pfister in das WIN-Kolleg (interner Link) der Heidelberger Akademie der Wissenschaften aufgenommen und trug auch danach als Akademiekollegiat (interner Link) in der Akademie aktiv zum interdisziplinären Dialog bei.
2022 erhielt er den Landesforschungspreis Baden-Württemberg und 2023 den Gottfried-Wilhelm-Leibniz-Preis. Er ist unter anderem Fellow der European Academy of Sciences (EURASC) und Mitglied der Leopoldina (2020).