Die Auswahlkommission für den Karl-Jaspers-Preis bilden die Leitung der Universität Heidelberg (Vorsitz), zwei Persönlichkeiten, die vom Gemeinderat der Stadt zu wählen sind, ein Mitglied der Heidelberger Akademie der Wissenschaften, eine vertretende Person der in Heidelberg ansässigen Max-Planck-Institute, die Leitung der Hochschule für Jüdische Studien Heidelberg und der oder die Vorsitzende der Karl Jaspers-Stiftung Basel.